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- 中医药学院：
中医学、中药学、针灸推拿学
- 中医药学院（研究生院）：
中医内科学、中医外科学、中医妇科学、中医骨伤科学、中西医结合临床、中西医结合基础、药物分析学、针灸推拿学
- 儿科学院：
临床医学、儿科学
- 儿科学院（研究生院）：
临床检验诊断学、临床检验诊断学、儿科学、影像医学与核医学、急诊医学、护理、护理学、生物化学与分子生物学、病理学与病理生理学、皮肤病与性病学、眼科学、耳鼻咽喉科学、麻醉学
- 公共卫生与管理学院：
公共事业管理、卫生检验与检疫、应用心理学、应用统计学、预防医学、食品卫生与营养学
- 公共卫生与管理学院（研究生院）：
公共卫生、公共管理、劳动卫生与环境卫生学、卫生检验学、卫生毒理学、应用统计、流行病与卫生统计学、社会保障、社会医学与卫生事业管理、社会医学与社会卫生事业管理、营养与食品卫生学、行政管理、遗传学
- 凉山卫校（专科）：
临床医学、护理
- 医学信息学院：
信息管理与信息系统、医学信息工程
- 医学信息学院（研究生院）：
生物医学工程、社会医学与卫生事业管理
- 口腔学院：
口腔医学、口腔医学技术
- 口腔学院（研究生院）：
口腔临床医学、口腔医学、口腔基础医学、护理、牙医学、麻醉学
- 基础医学院：
医学实验技术、基础医学、法医学、生物信息学
- 基础医学院（研究生院）：
临床检验诊断学、人体解剖与组织胚胎学、人体解剖与组织胚胎学、免疫学（硕士和博士）、放射医学、法医学、生物化学与分子生物学、生物医学信息技术、生物医学工程、生理学、病原生物学、病理学与病理生理学、神经生物学、组织工程与细胞工程、细胞生物学、遗传学
- 外国语学院：
英语
- 外国语学院（研究生院）：
英语笔译
- 实验动物中心（研究生院）：
动物学
- 思想政治教育学院（研究生院）
思想政治教育、社会保障、社会医学与卫生事业管理
- 感染性疾病分子生物学重点实验室（研究生院）：
临床检验诊断学
- 护理学院：
护理学
- 护理学院（研究生院）：
护理、护理学
- 检验医学院：
医学检验技术、生物技术
- 检验医学院（研究生院）：
临床检验诊断学、微生物与生化药学、药理学
- 测试学院（研究生院）：
中西医结合临床
- 生命科学研究院（研究生院）：
临床检验诊断学、临床检验诊断学、病理学与病理生理学、病理学与病理生理学、肿瘤学、药理学
- 生物医学工程学院：
生物医学工程
- 生物医学工程学院（研究生院）：
制药工程、妇产科学、影像医学与核医学、微无创医学、物理医学、生物医学信息技术、生物医学工程、生物医学工程、组织工程与细胞工程、肿瘤学、超声医学
- 第一临床学院：
临床医学、内科学、医学影像技术、麻醉学
- 第一临床学院（研究生院）：
中西医结合临床、临床检验诊断学、临床检验诊断学、临床病理学、临床药学、内科学、口腔临床医学、口腔医学、外科学、妇产科学、应用心理、康复医学与理疗学、影像医学与核医学、急诊医学、护理、护理学、皮肤病与性病学、眼科学、神经病学、精神病与精神卫生学、老年医学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、药学、药理学、重症医学、麻醉学
- 第二临床学院：
临床医学、医学影像学、康复治疗学、老年医学
- 第二临床学院（研究生院）：
临床检验诊断学、全科医学、内科学、口腔医学、外科学、妇产科学、康复医学与理疗学、影像医学与核医学、急诊医学、护理、护理学、眼科学、神经病学、老年医学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、麻醉学
- 第五临床学院：
临床医学
- 第五临床学院（研究生院）：
临床检验诊断学、儿科学、全科医学、内科学、外科学、妇产科学、影像医学与核医学、眼科学、神经病学、耳鼻咽喉科学、肿瘤学、麻醉学
- 药学院：
临床药学、药学、药物制剂
- 药学院（研究生院）：
制药工程、药剂学、药学、药物分析学、药物化学、药理学
- 重庆医科大学附属永川中医院（研究生院）：
中医五官科学、中医内科学、中医骨伤科学、中西医结合临床、针灸推拿学
- 附属大学城医院（研究生院）：
临床检验诊断学、内科学、妇产科学、应用心理、康复医学与理疗学、影像医学与核医学、眼科学、神经病学、精神病与精神卫生学、药理学